아무리 중소기업 아니라고 R&D 세제지원이 2%…KDI "환급제 검토해야"

KDI, '기업 연구개발 조세지원 방식 국제 비교' 보고서

美·英 20%·독일 25%…한국 일반기업은 최대 2% 그쳐

"일반연구개발 세액공제율 최소 6%로…환급제도 도입"

[서울=뉴시스] 사진은 삼성전자와 존스홉킨스대학 연구팀이 개발한 나노 박막 펠티어 소자와 고효율 펠티어 냉장고. (사진 = 삼성전자) 2025.08.24. [email protected]  *재판매 및 DB 금지

[세종=뉴시스]박광온 기자 = 우리나라 중소기업을 제외한 일반기업에 대한 연구개발(R&D) 조세지원 수준이 주요국 평균을 크게 밑돈다는 국책연구기관 분석이 나왔다.

특히 대기업·중견기업 등 일반기업에 대한 일반 연구개발비 세액공제율이 지속적으로 축소되면서 민간 혁신 유인이 약화됐다는 지적이다.

일반기업의 일반연구개발비 세액공제율을 최소 6% 이상으로 높이고 환급형 제도 도입도 검토할 필요가 있다는 제언이 제기된다.

7일 한국개발연구원(KDI)은 지난 1월31일 발간한 '기업 연구개발 조세지원 방식의 국제 비교와 정책 시사점' 보고서를 통해 이 같은 분석 결과를 내놨다. 해당 보고서는 김학수 KDI 선임연구위원이 집필했다.

보고서에 따르면 한국의 기업 연구개발은 '조세특례제한법' 제10조에 따라 ▲일반연구개발 ▲신성장·원천기술개발 ▲국가전략기술개발로 구분된다.

그중 일반연구개발은 신성장·원천기술이나 국가전략기술로 분류되지 않는 대부분의 R&D 활동을 포괄하며, 기업들이 가장 폭넓게 활용하는 보편적 세액공제 제도에 해당한다.

실제 2024년 기준 연구개발 조세지원을 신청한 기업 가운데 일반연구개발비 세액공제를 활용한 비중은 중소기업이 99.5%, 일반기업이 92.4%에 달했다.

특히 KDI는 2018년 조세특례 심층평가 결과 일반기업의 일반연구개발에 대한 지원이 기업 성장성과 수익성 등 시장성과 개선 효과로 이어졌다고 설명했다.

그러나 한국의 기업 R&D 조세지원은 신성장·원천기술, 국가전략기술 등 특정 기술 분야에 대한 우대지원 성향이 강한 반면 일반 연구개발비에 대한 지원 수준은 낮은 것으로 평가받는다.

기업은 해당 연도 R&D 비용의 일정 비율을 공제 받는 '당기분 방식'과 전년 대비 증가한 연구개발비에 더 높은 공제율을 적용하는 '증가분 방식' 가운데 유리한 방식을 선택할 수 있는데, 일반기업은 두 방식 모두에서 중소기업보다 현저히 낮은 공제율이 적용되고 있다.

지난해 기준 일반연구개발비 세액공제율은 중소기업이 당기분 기준 25%, 중견기업은 8%지만 일반기업은 최대 2%에 그쳤다. 증가분 방식 역시 일반기업은 25%로 중소기업(50%)의 절반 수준이다.

일반기업의 당기분 세액공제율은 과거 2008년 6% 수준이었으나 17년 만에 3분의 1 수준으로 축소된 것이다. 일반기업의 증가분 세액공제율 역시 과거 40%에서 2017년 30%, 2018년 25%로 낮아져 왔다.

특히 한국 일반기업의 연구개발 조세지원 수준은 2000년대 초반까지만 해도 경제협력개발기구(OECD) 평균의 두 배 수준이었던 것으로 나타났다.

OECD 기준 한국 일반기업의 연구개발 조세지원 수준은 2000년대 초반 기업 부담 연구개발비의 12% 수준으로, 당시 OECD 평균(6%)의 두 배에 달했다.

그러나 2011년 이후에는 한국과 OECD 평균이 역전됐고, 2021년 이후에는 격차가 14%포인트(p)까지 벌어졌다. 한국 일반기업의 조세지원 수준이 2% 수준까지 낮아진 반면 OECD 평균은 16%까지 상승한 결과다.

국가별 비교에서도 당기분 기준 한국 일반기업의 일반연구개발비 세액공제율(최대 2%)은 주요국 가운데 가장 낮은 수준으로 분석됐다.

미국·영국·스웨덴은 20%, 독일은 25%, 프랑스는 최대 30% 수준의 세액공제율을 적용하고 있었다. 일본 역시 기업 규모와 연구개발 증가율 등에 따라 최대 14%까지 공제율이 적용된다.

보고서는 이를 두고 "일반 대기업에 조세지원 혜택이 크게 돌아간다는 부자감세 논란과 세수 보완 대책의 일환으로 일반기업의 일반연구개발 확대에 대한 정부의 정책의지가 희생돼 왔음을 보여준다"고 평가했다.

보고서는 이 같은 격차 확대의 주된 이유로 경쟁국들의 환급제도 도입 등을 꼽았다.

환급형 제도는 기업이 세액공제를 받고도 공제할 세금이 없을 경우, 남은 공제액을 현금으로 돌려주는 방식이다. 적자를 기록하더라도 연구개발 투자를 지속할 수 있도록 지원하는 제도로 평가된다.

현재 한국은 세액공제 방식 중심으로 제도가 설계돼 있어 납부할 세금이 없는 적자기업은 실질적인 지원 효과를 체감하기 어렵다.

반면 보고서가 OECD 회원국과 중국 등 총 31개 주요국을 비교한 결과, 절반이 넘는 16개국이 적자기업에도 연구개발 세액공제를 현금으로 돌려주는 환급형 제도를 운영 중인 것으로 나타났다.

독일·영국·이탈리아·오스트리아 등은 대기업까지 환급 대상에 포함하고 있었다.

KDI는 "환급형 제도가 시행되면 정부 연구개발 지원에 따른 연구개발 촉진 효과는 두 배 커진다는 분석 결과도 있다"며 "한국도 환급제도 도입을 고려할 필요가 있다"고 밝혔다

이에 따라 KDI는 일반기업의 일반연구개발비 세액공제 제도를 '기본공제(최소 6% 이상)+추가공제(합계 한도 10%)' 형태로 개편할 것을 제안했다.

중소기업에 대해서도 일반 연구개발비 지원 수준을 상향하고 적자 중소기업에 한해 환급제 도입을 검토해야 한다고 밝혔다.


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