R&D세액공제 등 지방 우대…청년 근소세 최대 10년 감면[세제개편]

고향사랑기부금 세액공제도 지역별로 공제율 차등

지방 이전기업 관리 강화…"위장 이전·고용 감소 방지"

[서울=뉴시스]

[세종=뉴시스]임하은 기자 = 정부가 지방 주도 성장을 뒷받침하기 위해 연구개발(R&D) 비용 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 계수를 도입한다. 비수도권 중소기업 취업자의 근로소득세 감면과 고향사랑기부금 세액공제도 지방에 유리하도록 개편된다.

재정경제부는 3일 세제발전심의위원회를 열어 이 같은 내용을 담은 '2026년 세제개편안'을 확정·발표했다.

이번 개편안에는 정부가 역점을 두고 있는 지방주도 성장을 지원하기 위해 지방을 우대하는 세제 혜택을 다수 담았다.

기업의 지방 투자 유인을 높이기 위해 R&D 비용 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 계수를 적용하는데, 기본공제율에 계수를 곱해 적용한다.  결과적으로 지방의 세제 혜택이 최대 수도권의 1.5배가 되도록 확대한다는 계획이다.

지역을 4개로 분류해 수도권은 현행과 동일한 1.0을 적용하고, 비수도권 광역시는 1.1, 기타 비수도권은 1.3, 인구감소지역 등 비수도권 우대지역은 1.5를 적용한다.

조만희 재경부 세제실장은 "공제율에 지역별 계수를 적용해 지방을 우대하는 구조"라며 "낙후지역이나 주로 인구감소지역 등에는 최대 50%를 더해 1.5를 곱하겠다는 것"고 설명했다.

지방 중소기업 취업자에 대한 근로소득세 감면도 확대한다.

[세종=뉴시스] 배훈식 기자 = 구윤철 경제부총리 겸 재정경제부 장관이 지난 달 30일 오후 세종시 정부세종청사에서 2026년 세제개편안 상세 브리핑을 하고 있다. 2026.08.03. [email protected]

현재 청년은 취업 후 5년간 근로소득세의 90%를 감면받고, 60세 이상 고령자와 장애인, 경력단절자는 3년간 70%를 감면받는다. 연간 감면 한도는 200만원이다.

개편안은 사업장 소재지에 따라 감면율과 감면기간을 차등해 적용한다. 비수도권 광역시에서는 청년의 감면기간이 6년으로 늘어나고, 기타 비수도권은 7년, 인구감소지역 등 우대지역은 10년까지 늘어난다.

고령자와 장애인 등의 감면율도 현행 70%에서 비수도권 광역시는 75%, 기타 비수도권은 80%, 우대지역은 90%로 높인다. 적용기한도 오는 2029년 말까지 3년 연장된다.

기업이 비수도권으로 이전하거나 사업장을 신·증설하면서 지급하는 이주수당도 3년간 근로소득세를 비과세하는 방안을 신설한다. 비과세 한도는 월 최대 50만원이다.

고향사랑기부금 세액공제도 지방을 우대한다. 현행 10만~20만원 구간은 40%의 세액공제를 적용하지만, 기타 비수도권과 우대지역은 50%로 확대하고 20만~2000만원 구간은 우대지역에 한해 공제율을 현행 15%에서 25%로 상향한다.

지방에서 창업한 중소기업에 대한 세액 감면도 우대한다. 현재 수도권과 비수도권으로만 구분하던 창업중소기업 세액감면을 비수도권 광역시, 기타 비수도권, 우대지역 등으로 세분화해 감면율을 적용한다. 특히 지방 우대지역에서 창업한 기업은 최대 100% 세액감면을 받을 수 있게 한다. 구체적으로 점프업 중소기업은 최대 80%, 청년 신산업 기업은 100% 감면율이 적용된다.

또 앞으로 지방 이전이나 특구 입주에 따른 세제 혜택을 받은 기업은 감면기간 동안 감면세액의 30% 이상을 해당 지역의 투자·R&D·고용·상생출연금 등에 환류해야 한다. 이를 충족하지 못하면 감면세액의 차액을 추징한다.

조세특례 남용을 막기 위한 사후관리 요건도 강화한다. 위장 이전이나 고용이 감소하면 감면세액을 추징하고 향후 특례 적용을 배제한다. 투자와 고용 실적을 감면 한도와 연계해 지역소재 사업용 누적 자산투자액의 70%와 상시근로자 수에 1500만원을 곱한 값을 더해 감면 한도를 마련한다. 또 100% 감면 시 최저한세 적용도 배제해 과세형평을 제고한다.

조만희 실장은 "지방으로 위장이전해 세액 감면만 받고 서울로 다시 이전하거나 고용이 감소하는 경우가 있다"며 "이런 경우는 특례를 배제하는 요건을 뒀다"고 설명했다.

아울러 전남광주통합특별시 특구 내에서 창업한 기업의 경우, 소득세와 법인세를 5년간 100%, 이후 2년간 50% 감면해주는 시행령을 내년 2월에 신설한다. 기존에 기회발전특구로 이전한 기업에 대해 적용되던 소득세·법인세 과세이연 기간도 2029년까지 3년 연장된다.

[세종=뉴시스] 배훈식 기자 = 구윤철 경제부총리 겸 재정경제부 장관이 지난 달 30일 오후 세종시 정부세종청사에서 2026년 세제개편안 상세 브리핑을 하고 있다. 2026.08.03. [email protected]

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