대법 "사내 전산시스템 위탁개발비, 세액공제 대상 아냐"

사내 전산 개발비 '과학기술활동' 해당 쟁점

1심 "공제 대상 아냐"…2심서 판결 뒤집혀

대법 "전산시스템 개발, 서비스 진전 활동"

[서울=뉴시스]서울 서초구 대법원 청사. 2025.01.19. (사진 = 뉴시스DB) [email protected]

[서울=뉴시스] 이종희 기자 = 다른 회사에 맡긴 사내 전산시스템 개발 비용은 조세특례제한법상 과학기술 활동에 해당하지 않아 세액공제 대상이 아니라는 대법원 판단이 나왔다.

19일 법조계에 따르면 대법원 2부(주심 권영준 대법관)는 지난해 12월24일 LS증권이 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세 경정 청구 소송 상고심에서 원고 승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다.

LS증권은 2011년 8월부터 2012년 8월까지 LG CNS에 금융투자 업무 효율화를 위한 차세대 전산시스템 개발을 위탁하고 개발비로 약 286억원을 지급했다.

LS증권은 2015년 LG CNS에 지급한 개발비 가운데 소프트웨어 개발비와 인건비 등 약 155억원이 구 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 적용대상이라며 영등포세무서에 법인세 경정 청구를 했으나 거부당했다.

이에 LS증권은 경정 거부 처분을 취소해달라며 행정소송을 냈다.

재판의 쟁점은 해당 비용이 구 조세특례제한법상 '과학기술활동'에 해당하는 지 여부였다.

구 조세특례제한법은 기업의 연구개발 투자를 장려하기 위해 연구개발비의 일부를 법인세에서 공제하도록 정한다.

구 조세특례제한법은 연구개발를 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'(과학기술활동)과 '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동'(서비스활동)으로 구분하고 있다.

구 조세특례제한법상 서비스활동은 위탁개발비용을 세액공제 대상으로 인정하지 않고 있다. 이에 LS증권의 차세대 전산시스템 개발이 '과학기술활동'에 해당해야 세액공제를 받을 수 있다.

1심은 전산시스템 개발이 서비스활동에 해당해 세액공제 대상이 아니라고 판단했다. 하지만 2심은 전산시스템 개발로 금융투자기술이 개선돼 과학기술적 진전이 이뤄졌다고 판단했다.

대법원은 해당 비용이 과학기술활동으로 볼 수 없다고 보고 사건을 다시 심리해야 한다고 판단했다.

대법원은 "이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소해 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다"며 "구 조세특례제한법에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다"고 판시했다.

대법원은 "설령 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인해 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도 이는 원고가 영위하는 금융투자서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐"이라며 "서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다"라고 했다.


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