양도세 보유공제 없애나…고가주택 공정가액비율 상향 검토

장특공제 보유기간 공제 폐지 방안 검토

거주 공제에도 10억원대 상한 설정 논의

종부세율 대신 공정시장가액비율 높일 듯

[서울=뉴시스] 권창회 기자 = 24일 서울 송파구 롯데월드타워 서울스카이에서 아파트 단지 등 주거 지역이 내려다보이고 있다. 2026.07.24. [email protected]

[세종=뉴시스]여동준 기자 = 정부가 1세대 1주택자에게 적용되는 양도소득세 장기보유특별공제 가운데 보유기간에 따른 공제를 폐지하는 방안을 검토하고 있다.

거주기간에 따른 공제는 유지하되 공제액에 상한을 설정하는 방안도 논의 중이다. 이른바 '똘똘한 한 채'를 장기간 보유하면서 실제로 거주하지 않는 1주택자의 세 부담을 높이고, 초고가 주택일수록 공제 혜택이 커지는 구조를 손보겠다는 취지로 풀이된다.

28일 정부에 따르면 재정경제부는 다음 달 초 발표할 세제 개편안에 이 같은 양도소득세 장기보유특별공제 개편 방안을 담는 방안을 검토하고 있다.

현행 제도는 3년 이상 보유한 1세대 1주택자에게 보유기간과 거주기간에 따라 각각 연 4%씩 장기보유특별공제를 적용한다.

보유기간 공제율은 10년 이상 보유하면 최대 40%, 거주기간 공제율도 10년 이상 거주하면 최대 40%다. 두 공제를 합치면 과세 대상 양도차익의 최대 80%까지 공제받을 수 있다.

정부는 이 가운데 주택을 오랫동안 소유한 데 따른 보유기간 공제를 없애거나 축소하는 방향을 살펴보고 있다.

개편이 이뤄지면 주택을 장기간 보유하더라도 실제 거주한 기간이 짧을수록 받을 수 있는 공제가 크게 줄어든다. 실제 거주보다 자산가치 상승을 기대해 고가주택 한 채를 보유한 사람의 양도세 부담이 상대적으로 커질 수 있다.

거주기간 공제에는 일정 금액의 상한을 설정하는 방안이 검토되고 있다.

현행 장기보유특별공제는 양도차익에 공제율을 곱하는 구조다. 이에 따라 보유·거주기간이 같더라도 양도차익이 큰 초고가 주택일수록 공제받는 금액도 함께 커진다.

정부는 거주기간에 따른 공제액에 상한을 두면 일정 금액을 넘어선 양도차익에는 추가 공제가 적용되지 않아 초고가 주택에 혜택이 집중되는 현상을 줄일 수 있을 것으로 보고 있다.

상한 수준으로는 10억원대가 거론되지만 구체적인 금액은 아직 정해지지 않았다. 정부가 별도로 검토 중인 초고가 주택의 기준에 따라 적정 상한도 달라질 수 있기 때문이다.

재경부 관계자는 "장기보유특별공제에 일정 부분 한도를 둬야 하는 것 아닌지를 검토하고 있다"고 밝혔다.

이어 "초고가 기준을 얼마로 할지 논의 중이기 때문에 그 기준에 따라 어느 정도까지 한도를 두는 것이 적절한지 살펴봐야 한다"고 말했다.

정부는 종합부동산세의 경우 세율 자체를 인상하기보다 공정시장가액비율을 높여 고가·초고가 주택의 세 부담을 강화하는 방안도 검토하고 있다.

공정시장가액비율은 주택 공시가격에서 기본공제액을 뺀 금액 가운데 실제 종부세 과세표준에 반영하는 비율이다. 현행 주택분 공정시장가액비율은 60%다.

이 비율이 올라가면 공시가격과 공제액이 같더라도 과세표준이 커진다. 종부세율을 그대로 두고도 납부할 세금이 늘어나는 효과가 발생하는 것이다. 과세표준이 커지면서 더 높은 세율 구간으로 이동하는 사례도 나올 수 있다.

종부세율을 조정하려면 국회에서 종합부동산세법을 개정해야 한다. 반면 공정시장가액비율은 법에서 정한 60~100% 범위 안에서 시행령을 고쳐 조정할 수 있어 정부가 상대적으로 신속하게 활용할 수 있는 수단이다.

재경부 관계자는 "공정시장가액비율도 살펴보고 있다"며 "이 역시 초고가 기준과 연관된 문제로, 비율을 얼마까지 가져갈지는 세 부담을 어느 정도로 할지 등을 판단해야 한다"고 설명했다.

정부는 다음 달 초 부동산 관련 세제를 포함한 세제 개편안을 공개할 예정이다.

다만 장기보유특별공제 개편 방식과 공제 한도, 초고가 주택 기준, 공정시장가액비율 상향 폭 등은 아직 확정되지 않았다는 입장이다.


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